在國(guó)家支持下，中國(guó)科學(xué)院生物化學(xué)研究所、**醫(yī)學(xué)科學(xué)院、復(fù)旦大學(xué)與北京師范大學(xué)等單位迅速啟動(dòng)了蛋白質(zhì)組研究，建立并組合了二維電泳蛋白質(zhì)組分離技術(shù)、圖象分析技術(shù)和蛋白質(zhì)鑒定的質(zhì)譜技術(shù)；先后舉辦了三次國(guó)內(nèi)性的蛋白質(zhì)組學(xué)術(shù)研討會(huì)，并在國(guó)際上較早提出了功能蛋白質(zhì)組學(xué)的研究戰(zhàn)略。我國(guó)蛋白質(zhì)的色譜/電泳二維分離，二維芯片電泳分離，質(zhì)譜在線鑒定等方面均取得了重要進(jìn)展，并得到了國(guó)際同行的認(rèn)同，具有一定優(yōu)勢(shì)。
雖然我國(guó)蛋白質(zhì)組學(xué)研究啟動(dòng)不久，我國(guó)科學(xué)家已經(jīng)在重大**如肝癌、維甲酸誘導(dǎo)白血病細(xì)胞凋亡啟動(dòng)模型及維甲酸定向誘導(dǎo)胚胎干細(xì)胞向神經(jīng)系統(tǒng)分化的模型等比較蛋白質(zhì)組研究以及一些重要生理和病理體系的蛋白質(zhì)組成分研究方面獲得了重要成就。在胚胎干細(xì)胞誘導(dǎo)向神經(jīng)干細(xì)胞方向分化前后分離出了19個(gè)與定向誘導(dǎo)神經(jīng)分化相關(guān)的蛋白；在HL-60細(xì)胞凋亡研究中初步篩選到21個(gè)凋亡相關(guān)蛋白。已進(jìn)行了肝癌細(xì)胞系及正常肝細(xì)胞蛋白質(zhì)組的比較分析研究，發(fā)現(xiàn)了兩者間不同的蛋白表達(dá)群；自行建立了肝癌高/低轉(zhuǎn)移細(xì)胞系，進(jìn)行了原位食管癌/轉(zhuǎn)移食管癌間的比較蛋白質(zhì)組研究，初步發(fā)現(xiàn)了一批與腫瘤轉(zhuǎn)移相關(guān)的蛋白質(zhì)群。通過(guò)蛋白質(zhì)芯片技術(shù)對(duì)肺癌病人和正常人血清中的蛋白質(zhì)譜的對(duì)比分析，找到了15個(gè)差異蛋白并利用BiomarkerPattern分析軟件建立了肺癌診斷分類樹(shù)模型。初步盲篩結(jié)果表明，這15個(gè)分子標(biāo)志可能成為臨床診斷肺癌的新指標(biāo)，有重要應(yīng)用價(jià)值。在大規(guī)模人胎肝蛋白表達(dá)譜方面初步鑒定出500個(gè)高豐度蛋白，150個(gè)磷酸化相關(guān)蛋白等等。這些研究證明了我國(guó)的蛋白質(zhì)組學(xué)技術(shù)平臺(tái)已能支撐一定規(guī)模的研究，為我國(guó)在該研究領(lǐng)域爭(zhēng)得了一席之地，也為未來(lái)的發(fā)展奠定了良好的基礎(chǔ)。
目前，由**醫(yī)學(xué)科學(xué)院牽頭的973計(jì)劃項(xiàng)目和由上海生命科學(xué)院牽頭的863計(jì)劃項(xiàng)目集中了國(guó)內(nèi)十余家優(yōu)勢(shì)單位，針對(duì)嚴(yán)重影響我國(guó)人民健康的重大**和重要生命科學(xué)問(wèn)題開(kāi)展“重大**的比較蛋白質(zhì)組研究”和“重要生理、病理體系的功能蛋白質(zhì)組研究”。力爭(zhēng)在3~5年內(nèi)建立國(guó)際**水平的蛋白質(zhì)組學(xué)研究通用技術(shù)平臺(tái)，發(fā)現(xiàn)一批有重要生命科學(xué)價(jià)值或與重大**相關(guān)的蛋白質(zhì)，為探索基因轉(zhuǎn)錄,翻譯調(diào)控的規(guī)律、獲得重大**預(yù)警、診斷標(biāo)志物和新藥研究的靶標(biāo)作出貢獻(xiàn)。
目前，國(guó)內(nèi)已有若干蛋白質(zhì)組學(xué)研究中心或重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室相繼成立，如復(fù)旦大學(xué)蛋白質(zhì)研究中心，**醫(yī)學(xué)科學(xué)院蛋白質(zhì)組中心，高等院校蛋白質(zhì)組學(xué)研究院，中國(guó)科學(xué)院蛋白質(zhì)組學(xué)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室和中國(guó)醫(yī)學(xué)科學(xué)院蛋白質(zhì)組學(xué)研究中心等。其中高校蛋白質(zhì)組研究院是由國(guó)內(nèi)多所高校、臨床單位和國(guó)內(nèi)外有關(guān)公司聯(lián)合建立的研究機(jī)構(gòu)，是我國(guó)高校大規(guī)模打破學(xué)校界限，與國(guó)內(nèi)外多方面力量聯(lián)手，進(jìn)軍蛋白組組學(xué)研究領(lǐng)域所采取的新舉措。統(tǒng)一協(xié)調(diào)有關(guān)國(guó)內(nèi)研究的中國(guó)人類蛋白質(zhì)組組織（ChineseHUPO）和蛋白質(zhì)組專業(yè)委員會(huì)等也在籌備中。